Le microdelezioni del cromosoma Y sono la causa genetica più frequente di infertilità maschile, che colpisce circa il 10-15% dei soggetti affetti da azoospermia grave o oligozoospermia. La ricerca delle microdelezioni del cromosoma Y è divenuta ormai una procedura diagnostica di routine, applicata sia su pazienti oligo-azoospermici che su pazienti che si sottopongono a tecniche di fecondazione assistita. Ne deriva l’esigenza di ricorrere a metodiche rapide, affidabili, di facile uso e automatizzabili. Il metodo comunemente impiegato per la ricerca delle microdelezioni del cromosoma Y prevede l’amplificazione mediante PCR di un numero variabile di STS (Sequence Tagged Sites) distribuite sulle regioni AZFa, b, c, e successiva visualizzazione dei prodotti di PCR in gel di agarosio. Tale metodica, sebbene funzionale, risulta poco pratica per l’analisi di un elevato numero di campioni, e non consente un’automazione della procedura diagnostica. In questo studio descriviamo l'applicazione di un approccio alternativo, che impiega la fluorescenza e l'elettroforesi capillare, che consente di automatizzare l'intero processo analitico. Tale metodica prevede l'amplificazione di 24 regioni STS più due regioni di controllo, una specifica per il cromosoma Y (SRY) ed una presente su entrambi i cromosomi sessuali (ZFX/Y). Dopo un'unica corsa elettroforetica capillare, comprendente tutte le regioni STS investigate ed i relativi controlli, la valutazione della presenza di microdelezioni del cromosoma Y viene condotta mediante un sistema di analisi automatizzato, elaborato con il software Genotyper, che consente di etichettare ciascuna regione STS investigata ed evidenziare automaticamente la presenza di una o più regioni delete. Con questa tecnica sono stati analizzati 300 pazienti, oligo-azoospermici o afferenti da centri di fecondazione assistita, riscontrando una o più delezioni nel 5,2% dei casi. L'analisi fluorescente delle microdelezioni del cromosoma Y, per le sue caratteristiche di elevata sensibilità, automazione, rapidità di esecuzione, e semplicità interpretativa, si é rivelata un valido ed affidabile approccio, applicabile alla routine diagnostica.